Stichting Koplopers vindt Lilly een Koploper op het gebied van Goed Werkgeverschap. Op punten zoals geloofwaardigheid van het management, respect voor elkaar en vanuit het management, eerlijkheid, trots en teamorientatie scoren zij hoog. Zij staan drie keer op de Lijst Beste Werkgevers van Nederland, samengesteld door Great Place to Work. Lilly is een van de tien grootste farmaceutische organisaties ter wereld.